A alcaparra é muito empregada em pratos de peixe, inclusive com salmão, ou uma carne de sabor mais suave. Não é conveniente colocar as alcaparras no início do cozimento, pois seus sabores se perdem. Podem ser utilizadas também em saladas, maioneses, molhos em geral principalmente no molho tártaro. Podem ser usadas tanto inteiras como salpicadas nos pratos prontos, quanto picadinhas e incorporadas nos alimentos. Não combina com pimentas, e nem com condimentos mais pungentes.

O botão da flor da alcaparra é um ingrediente comum da cozinha mediterrânica, muitas vezes consumido em vinagrete como estimulante do apetite. Na Grécia antiga era usada como calmante, enquanto na Idade Média era utilizada para mascarar o sabor rançoso das carnes passadas. Tem sabor suave, delicado, mas marcante, meio ácido, meio doce.